阿合奇县位于新疆维吾尔自治区西部，地处帕米尔北部、天山南麓、托什干河上游。东邻乌什县，东南、南部和西南分别与柯坪、巴楚、阿图什县接壤，西部和北部与吉尔吉斯斯坦共和国交界。县城阿合奇镇距乌鲁木齐公路里程1180千米。全县总面积11545.38平方千米，总人口35410人（2003年）。有柯尔克孜、维吾尔、汉、回、哈萨克、壮等民族。

        地势西北高东南低，自西向东倾斜。天山南脉横贯全境，北部为阔克夏勒岭，南部为喀拉铁克山，托什干河自西向东贯穿全境，形成两山夹一谷的特殊地貌。主要河流是托什干河及上游支流。属中温带大陆性气候。春季多风，夏季短而不炎热，秋季凉爽，冬季酷寒积雪少，且不稳定。年均气温6.2℃，年均降水185毫米。

　　1938年置设置局，1944年改县。阿合奇，系柯尔克孜语，意为白芨芨草，过去有大面积的芨芨滩，故名。
　　汉代先后属西域都护府和西域长史府，隋唐并入疏勒地，唐置尉头州，宋仍称疏勒，元、明两代属别失八里的西境，后曾一度并于准噶尔，地名图尔满。清光绪九年（1883年）置乌什直隶厅，隶属阿克苏道。民国二年（1913年）乌什直隶厅改称乌什县，阿合奇（当时称阔克夏勒，柯语含义为荒凉边远之地）仍归乌什县管辖。1940年从乌什县析置阿合奇设治局，因治所在阿合奇（今哈拉奇乡阿合奇村），故名。1941年治所由阿合奇东迁到吾曲（旧刊新疆舆图乌什厅图作巫区），即今阿合奇县城。1944年升为县，属阿克苏专区。1954年划入新成立的克孜勒苏柯尔克孜自治州。

　　2000年，阿合奇县辖1个镇、5个乡：阿合奇镇、色帕巴依乡、库兰萨日克乡、苏木塔什乡、哈拉奇乡、哈拉布拉克乡。全县总人口34317人，其中：阿合奇镇 9833人、库兰萨日克乡 2850人、色帕巴依乡 3678人、苏木塔什乡 3918人、哈拉奇乡 7203人、哈拉布拉克乡 6835人。