古尔班通古特沙漠面积开阔，不利于野生动物隐蔽生存，但这里曾是野马的原产地，蒙古野驴、赛加羊、鹅喉羚遍地。曾几何时，由于大量的捕杀和生态环境的破坏，野马和赛加羚羊灭绝了，蒙古野驴和鹅喉羚数量剧减，很难见到其踪迹。1982年建立的新疆卡拉麦里有蹄类自然保护区，位于昌吉的吉木萨尔县和奇台县的北部及阿勒泰总面积1.7万平方公里，属国家保护的珍稀动物有蒙古野驴、"普氏野马"、盘羊、鹅喉羚（黄羊）等。五彩湾和奇台县境内的将军戈壁，都在这一保护区范围之内。卡拉麦里山是一条东西走向的低矮山脉。这里地貌复杂，植被丰富，水源充足，人迹罕到，形成了最适宜野生动物繁衍生息的"天堂"。如今，这里保护的主要对象--蒙古驴已发展到700余头，鹅喉羚）黄羊）已有1万余头。此外，野骆驼、普氏时马、盘羊、兔狲等各种"有蹄"的珍稀野生动物，红储金雕、大鸨、沙鸡等鸟类，以及沙蜥等爬行动物，都有不同程度的繁殖增加。1988年又在吉木萨尔建立了野马繁育中心，使卡拉麦里地区旱地区早已灭绝的野马从欧洲返回故乡并回归大自然，这是国际上珍惜野生动物保护的重大举措。由于石油的开发，卡拉麦里地区戈壁和沙漠公路建设，使得这里的道路四通八达，为沙漠观光旅游创造了良好的条件，因此生态旅游要特别关注这里的野生动物保护。目前，由于保护得力，荒漠有蹄类的种群已有明显的恢复，驱车通过该地区，幸运的话，可以见到壮观的野驴群，至少鹅喉羚是十分常见的。我区计划在附近建立国内最大的野生动物园，将让更多人感受荒漠生态系统的壮观与美丽。
适应于荒漠地带生活的兽类很多，主要有野骆驼、沙狐、荒漠猫、兔狲以及各种跳鼠和沙鼠；荒漠鸟类主要有沙雀、漠雀、沙鸡石鸡及地鸦等；荒漠爬行类以各种沙蜥和麻蜥为主体，此外还有花条蛇和沙蟒等。由于一些绿周伸延至荒漠中，加上人类活动的影响，迫使草原动物也转到荒漠和半荒漠地带生活，如野马、野驴和鹅喉羚等，也使得荒漠动物种类丰富多彩。由于荒漠环境恶劣，在长期的进化过程中，荒漠动物在形态上产生一些适应性构造，在生理上也产生了耐干旱、炎热和忍饥耐渴及适于粗食的适应性机制，此外还形成了一系列独特的行为特征。荒漠动物的穴居生活、冬眠、储藏冬季饲料或善于奔跑等习性，比之草原动物有进一步的发展。小型动物具有耐旱的生理特点，能直接从植物体中取得水分和依靠特殊的代谢方式，获得所有的水分，并在减少水分消耗方面有一系列的生理、生态适应机制。由于植被条件比较单纯，各种环境中，往往只为很少书的种类占据。有因植被生长极不均匀，动物栖息环境亦很分散。
